thumb|Localización de Manzanillo en México. La historia de Manzanillo es la historia del municipio de Manzanillo, en el estado de Colima, México.
La importancia de Manzanillo radica en su río homónimo, convertido en la actualidad en un casi inexistente arroyo que alimenta un campo de golf propiedad de Las Hadas y que, desde tiempos muy remotos, ha sido sitio de asentamientos humanos ya sea para concurrir las embarcaciones en su astillero, organizar tumultos porque el virrey visita la Audiencia, proveer de leña y aguada a marinos revolcados por tempestades, servir de escondrijo a herejes, corsarios y filibusteros, vigilar el Galeón o Nao de China y recibir "Los pliegos de su Majestad", realizar alistamientos para defenderla de posibles desembarcos de afamados saqueadores de mar o traficantes de contrabando, hasta suministrar mano de obra a la infraestructura pujante de la zona turística comprendida hoy en la Cuenca del Pacífico.
Época Prehispánica y Conquista A pesar de que poco se sabe, el puerto de Manzanillo recibió en tiempos precolombinos el nombre de Cozcatlán, cuya derivación etimológica en lengua Náhuatl significa «Lugar de perlas» o «Donde se fabrican collares de perlas», siendo tan conocida su fama de albergar ricos bancos de madreperla que, según las crónicas, cada noventa días eran enviadas a los mercados de Tlatelolco en la Gran Tenochtitlan como parte de un tributo o pacto comercial que el gobierno de Colimán hizo al dominante imperio azteca a través de sus emisarios Pochtecas.
También se sostiene la teoría, evidente en la marcada influencia que recibió su cerámica prehispánica, de que este auge comercial llevó a establecer contactos marítimos con pueblos del Perú y el lejano Oriente. Al respecto, Gregorio Torres Quintero en una de sus muchas leyendas que escribió, narra la visita que le hizo un prócer chino de gran dinastía al rey IX de Colimán en el puerto de Salahuac. thumb|Hernán Cortés, conquistador español de la parte central de México. Basándose en una pronunciación semejante Xalahua, Anguiano Tafolla define a este lugar como: «El que tiene amates (salates) en la arena»; mientras que Figueroa Torres con los vocablos Tzalahua difiere un poco al definirlo como «Lugar en donde se encierra el agua». Se cree que ambas decertaciones en su toponimia guardan apegada importancia geohistórica, así como también el alto valor antropológico de unos rasgos indígenas todavía notables en algunos de sus actuales moradores.
En el , durante la conquista de las tierras americanas y sus mares de la Nueva España sus costas se consideraron viables para el establecimiento de rutas y enclaves para la navegación y al comercio hacia el Oeste.
En este sentido Hernán Cortés, conocedor de la tierra nueva que conquistaba, le pareció mejor explorar el mar del sur y extender las conquistas hacia el oriente, que sitiar por tierra ciudades y comarcas con estrategias de guerra. Así pareció reaccionar al dar con la clave de un dominio hegemónico que por siglos establecieron los mexicanos desde la meseta de Anáhuac («donde confluyen dos océanos», en náhuatl), hasta las planicies y cordilleras mesoamericanas ubicando los pasos ístmicos, selvas y nexos con otros pueblos de América del Sur, según los códices y registros topográficos hechos en papel amate que le fueron entregados en su viaje a Las Hibueras.
La matrícula de tributos al contener el listado de los productos que los pueblos dominados por ese imperio le ofrecían a modo de impuesto, fue otra de las claves que reveló a Cortés acerca de los recursos naturales y económicos de regiones vecinas, su potencial demográfico.
Correspondió a Gonzalo de Umbría ser el primero en informar a Don Hernando del "Reino de Colimotl" y de la mar del sur, a través de informes recibidos en los pueblos de Michoacán:
Agrega:
Algunos historiadores aseguran, sin comprobar hasta la fecha, que Juan Rodríguez de Villafuerte comisionado por Hernán Cortés para construir en Zacatula las naves destinadas a los descubrimientos, hubo atacado por mar las poblaciones costeras y logrando desembarcar en Salahua para luego internarse hasta Caxitlán y sostener batalla con los colimotas, como algunos historiadores regionales confirman. Sin embargo, la mención a Colima aparece en la cuarta Carta de Relación fechada hacia el 15 de octubre de 1524:
Crónicas como las de Francisco López de Gómara y Bernal Díaz del Castillo mencionan al capitán Cristóbal de Olid como el jefe de esta incursión frustrada; Carl O. Sauer escribe que Juan Rodríguez de Villafuerte sería el más próximo a dicha incursión por la proximidad del encargo que tuvo al preparar la construcción de cuatro navíos en el de alguna forma de haber participado en el suceso, es decir, Villafuerte entró en una incursión que desobedeciendo cualquier orden del mando superior creyó poder controlar fácilmente la zona, todo lo contrario, pues a su llegada al paso de Trojes se encontró con una emboscada colimota. Sorprendido Don Hernando, dado que no emitió órdenes expresas en la incursión a esta zona, decide enviar a principios de 1523 al capitán Gonzalo de Sandoval, alguacil mayor que con treinta y cinco de caballo y doscientos españoles acompañado de cientos de naturales venían explorando las provincias de Tatactetelco, Tuxtepeque, Guatuxco (Huatulco) y Aulicaba, apaciguando los pueblos y tomando posición hacia el norte reforzándose una vez que estuvieron en Zacatula para apaciguar el lugar y realizar un reparto de tierras entre los españoles que le acompañaron.
La incursión de Saldoval a la costa de Colima, esta referenciada por Cortés en su cuarta carta de relación:
Los hallazgos de Saldoval regocijaron mucho a Cortés al narrarle los relatos existentes de una isla cercana a Cihuatlán habitada solo por mujeres y rica en perlas y oro. Asuntos urgentes le impidieron a Cortés confirmar el suceso personalmente. Antes de partir a la conquista de las Hibueras en 1524, comisiona a su pariente Francisco Cortés de San Buenaventura para hacer una nueva incursión por la costa y tomando posición de los nuevos descubrimientos y escribió al monarca:
En sus instrucciones a Francisco Cortés, Don Hernando escribió:
En agosto de 1524 Francisco Cortés de San Buenaventura con el nombramiento de Lugarteniente y alcalde Mayor llega a la Villa de Colima donde es recibido por el Ayuntamiento bajo gran solemnidad y con él firma el propósito de:
En esa comisión le acompañan los franciscanos Juan de Padilla y Fray de Bolonia, quienes levantaron la primera iglesia que años después sería el convento de San Francisco de Almoloyan; la construcción más antigua del occidente de Nueva España y una de las primeras en el continente.
López Portillo y Max Weber recopilan en su obra una relación escrito por Fray Francisco Mariano de Torres en la que señala como año de expedición el año de 1526:
Pareciera ser que Francisco Cortés de San Buenaventura no obedeció las órdenes de su primo de reconocer la costa, pues siguió la ruta de la sierra y las altiplanicies; según la "Relación de una visitación" fechada en enero de 1525 que se elaboró en esa expedición y que sirvió a Don Hernando como evidencia ante los reclamos jurídicos de Nuño de Guzmán sobre su derecho a ocupar las tierras del centro y Suroeste de Jalisco, Nayarit y Colima.Crónicas de la Santa Provincia de Xalisco" - López Portillo y Weber, 1954. IBIDEM.
Las exploraciones de Asia que arrojó el primer viaje de circunnavegación al globo por Juan Sebastián Elcano, motivaron a Carlos V preparar una expedición más a las islas Molucas, que partió del puerto de la Coruña, España, el 14 de julio de 1525, en una armada compuesta por siete naves a cargo de Fray García Jofre de Loaysa y Sebastián Caborte. En ella se alistó Andrés de Urdaneta, como asistente de Sebastián Elcano, adquiriendo experiencia de las rutas, corrientes y diversos grupos de islas pertenecientes a las Marianas, las Marshall y las Célebes, antes de poder regresar a España once años después. De ese viaje, solo una de las naves, la Santa María de la Victoria, logró llegar a Tiradores casi dos años después de que partiera. Tanto Loaysa como Elcano murieron antes de llegar a su destino.
En el viaje de ida de dichas islas, tras cruzar el estrecho de Magallanes y enfilar al océano Pacífico, una de las naves, la "Santiago", cuyo capitán era Santiago de Guevara se extravía hacia el mes de junio de 1526. La falta de víveres y el mal estado de la nave los obligan a poner proa al norte, hacia las costas de la Nueva España, recorriendo unos 7500 km desde los 51° de latitud sur hacia los 16° de latitud norte.
La "Santiago" arriba a las costas de Tehuantepec, donde Cortés tenía apostados astilleros para construir sus naves mismas que las ofrecía al monarca para descubrir esas islas de las especies, y en su caso auxiliar a la expedición perdida de Loaysa cuyo destino ignoraba preocupando hondamente al monarca según escribirá en su Quinta Carta de Relación y en un complemento a ella (septiembre de 1526).
La llegada del patache con noticias, planos e informes del plan expedicionario a esa tierra, y la cédula real que Carlos V envía a Cortés fechada en junio de 1526 encargándole la preparación de una armada que se dirigía a las Islas de Molucas en auxilio de esa expedición despertaron en el conquistador nuevos deseos de descubrimientos y conquistas.
Expedición de Álvaro de Saavedra Cerón Hernán Cortés, decidió llevar a cabo otras empresas aparte de los consumados en los dominios de Moctezuma. Quería explorar las costas orientales desde Florida hasta el banco Terranova, y despachada a sus capitanes a las conquistas de nuevas provincias. Esta vez envió a otro de sus primos llegados a la Nueva España, Nuevo de Saavedra Cerón a reconocer el mar del sur descubierto desde 1513 por Vasco Núñez de Balboa. thumb|Mapa de las islas Marianas, Filipinas y Carolinas. El 31 de octubre de 1527 con la intención de rescatar la armanda perdida de Frey García Jofré de Loaysa, y sumar nuevos descubrimientos, partió Saavedra Cerón de Aguatanio desde Zihuatanejo con tres naves. La Floridad, que era la capitana y contenía 15 hombres provistos de abundantes víveres y 30 piezas de artillería. La flota tomó el rumbo 5.0 y descendió hasta los once grados de latitud N., luego se dirigió al O., pero dispersadas las naves por un temporal, la capitana llegó sola a un archipiélago que recibió en esos momentos el nombre de reyes, (más tarde el de los Ladrones y mucho tiempo después (1668), al ser ocupado por los españoles, el de Marianas, del nombre de la esposa de Felipe IV).
De este archipiélago pasó Cerón, siguiendo el mismo rumbo al de Filipinas (Mindanao), descubierto en mayo de 1521 por Magallanes, que encontró en Zebú su sepulcro. Cerón tomó posesión de las islas en nombre del rey de España, rescató a precio de oro a unos castellanos de la expedición de Loaysa e hizo las paces con el señor de Zebú, hablando y dando a beber sangre del brazo, como asientan Gomara y el cronista Herrera, según las costumbres de aquellas tierras. Cerón, después de visitar las islas Terrenate y Gilolo del grupo de las Molucas, llamadas de la Especiería, y de recorrer los mares de Oceanía en distintas direcciones, intenta partir para la Nueva España junto con un valioso cargamento de especias encontrándose vientos adversos y temporales que lo hicieron regresar a Tidore. Ahí repara su nave y emprende con mala suerte otro intento muriendo en la navegación el 19 de octubre de 1529, motivo por el cual tornó la nave a las Molucas solo para enterarse de que el Emperador Carlos V he cedido sus derechos a Portugal y por tanto, quedando ellos como prisioneros de los portugueses. Varios años después son readmitidos a Europa, entre estos marinos deportados se encontró Andrés de Urdaneta.
Descripción de la Costa de Motines y el Puerto de Santiago