La Facultad de Medicina «San Fernando» de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (FMSF-UNMSM) es una de las veinte facultades que conforman la dicha universidad. La facultad, dentro de la organización de la universidad, forma parte del área de Ciencias de la Salud y cuenta con las Escuelas Profesionales de Medicina, Obstetricia, Enfermería, Tecnología Médica y Nutrición, que brindan tanto estudios de pregrado como de posgrado. Se encuentra ubicada fuera de la Ciudad Universitaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, en el local histórico de la Facultad de Medicina «San Fernando», localizado en la cuadra 7 de la avenida Miguel Grau, en Lima.
Las primeras cátedras de estudios de medicina en la Universidad de San Marcos, acontecidas en el siglo , son el origen directo de los estudios universitarios de medicina en el Perú. Las primeras cátedras de Prima y Vísperas de Medicina fueron creadas en 1634; la Cátedra de Método de Galeno o Arte Curativo, en 1690, mientras que la Cátedra de Anatomía fue creada en 1711. Los estudios de medicina eran complementados con prácticas llevadas a cabo en los Hospitales Mayores bajo la dirección de un médico titular, de manera que se instauraron Escuelas Públicas de Cirugía y Medicina en dichas instalaciones. Junto a la labor de Hipólito Unanue, la práctica médica fue reforzada en 1792 con la creación del Anfiteatro Anatómico en el Hospital Real de San Andrés y las Conferencias Clínicas impartidas. Precisamente, tras las gestiones de Unanue se creó en 1811 el Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando, institución dependiente directamente del poder real. Con la llegada de la independencia, el Colegio de Medicina adoptó en agosto de 1821 la nueva denominación de Colegio de la Independencia. Luego de la aplicación de reformas durante el segundo periodo de dirección del colegio por parte de Cayetano Heredia, este se transformó en la Facultad de Medicina de la Universidad de San Marcos en el año de 1856 (retornando así a la dependencia universitaria). Iniciada la Guerra del Pacífico, docentes y estudiantes participaron tanto en el servicio médico como en las contiendas militares a través de la Columna Independencia de la Facultad de Medicina. Una vez culminado el conflicto, se fundó la Sociedad Unión Fernandina en 1883, la misma que en diciembre de 1919 dio paso al Centro de Estudiantes de Medicina.
La Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos acogió en sus aulas a estudiantes y catedráticos que han destacado como científicos y docentes, entre los que se puede distinguir al médico y precursor de la independencia Hipólito Unanue, quien fue también fundador del Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando; Cayetano Heredia, médico que organizó esta facultad; Daniel Alcides Carrión, estudiante de medicina nombrado «mártir de la medicina peruana» por su inoculación de la verruga peruana para su estudio científico; Laura Rodríguez Dulanto, la primera mujer en ingresar a la Facultad de Medicina y graduarse como médico cirujana en la Universidad de San Marcos; Casimiro Ulloa, médico, docente y político; Pedro Ortiz Cabanillas, médico neurólogo, psicólogo y docente; Hermilio Valdizán, médico y escritor; Alberto Barton, microbiólogo descubridor del agente etiológico de la Enfermedad de Carrión, entre muchos otros.
La Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es, junto con la correspondiente facultad de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, uno de los dos centros de estudios de Ciencias Médicas más reconocidos a nivel nacional. Sus estudiantes de último año de la Escuela Profesional de Medicina han obtenido en numerosas oportunidades el primer puesto en las evaluaciones anuales realizadas por la Asociación de Facultades de Medicina (ASPEFAM). De acuerdo a la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria, su programa de pregrado en Medicina Humana fue el primero a nivel nacional en obtener el licenciamiento por un periodo vigente de diez años.
Historia Cátedras de Medicina miniaturadeimagen|left|230px|Fachada del local que ocupó la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en la denominada Plaza del Estanque entre los años de 1576 y 1876. En lo posterior el espacio fue destinado como sede del Congreso de la República del Perú Una vez fundado el Estudio General —nombre con el que se conoció originalmente a la Universidad de San Marcos— en la ciudad de Lima por Real Cédula de 12 de mayo de 1551 autorizada por Carlos I de España, un primer intento por formalizar la enseñanza de la medicina fue llevado a cabo por Lope García de Castro, quien en 1568 le propuso al entonces monarca Felipe II de España la creación de dos cursos y una cátedra de medicina en el referido Estudio. Cabe resaltar que desde el inicio de la etapa colonial se tuvo la necesidad de ejercer el control de los médicos, cirujanos y demás vinculados a la curación y asistencia médica. Así, entre las funciones otorgadas a Francisco de Toledo como virrey, se incluyó el control del ejercicio de las profesiones médicas a través del Real Tribunal del Protomedicato. Este se instauró en el virreinato del Perú en enero de 1570, y se designó como primer Protomédico General a Antonio Sánchez de Renedo. Algunas de las funciones que cumplía dicho tribunal incluía el tomar exámenes a los aspirantes a ejercer las profesiones de la salud, autorizar y otorgar licencias, revisar y aprobar los títulos de Bachiller, Médico o Cirujano, visitar boticas y controlar los medicamentos, etc.
En lo posterior, las preocupaciones por instaurar los estudios de medicina se vieron plasmados en las primeras Constituciones de 1571, las cuales fueron promovidas por el entonces virrey Francisco de Toledo y elaboradas con la participación de médicos como Gaspar de Meneses y Antonio Sánchez de Renedo. Estas establecieron las condiciones para la obtención de los grados académicos: el grado de Bachiller en Medicina era adquirido luego de cursar tres años de estudios y presentar seis conclusiones entre las cuales se incluya una de filosofía; mientras que los requisitos para optar por el grado de Licenciado en Medicina incluían el ser Bachiller en Medicina y seguir un auto de seis conclusiones incluida una de filosofía natural, con base en la cual se debía responder acertadamente sobre la obra de Hipócrates. Así, el 3 de septiembre de 1576 se inauguró la Cátedra de Medicina a cargo de Antonio Sánchez de Renedo. En lo posterior, las Constituciones de 1578 establecieron la existencia de cinco facultades: Leyes, Cánones, Teología, Artes y Medicina; mientras que las Constituciones de 1584 establecieron entre los requisitos para obtener el Grado de Bachiller en Medicina el ser Bachiller en Artes y ejercer dos años de práctica. Sin embargo, cabe resaltar que estas últimas fueron prontamente reemplazadas por las anteriores Constituciones de 1581.
Las dos primeras cátedras establecidas en el Estudio General fueron las de Prima y Vísperas, ambas nombradas debido a la hora en que se impartían (la primera en el mañana y la segunda en la tarde —vespera—). Cabe resaltar, que ambas cátedras poseían un carácter escolástico, puesto que su enseñanza se basaba en la lectura de textos clásicos en latín como los de autoría de Hipócrates, Galeno y el Canon de Avicena por parte del catedrático y la posterior referencia erudita a otros autores que hayan abordado el mismo tema. Fue el entonces rector Jaime de Alloza y Menacho quien solicitó al Virrey Luis Jerónimo Fernández de Cabrera y Bobadilla formalizar la enseñanza de la Medicina. En octubre de 1634, este último dictó una Provisión a través de la cual creó las Cátedras de Prima, asumida por Juan de Vega y Vísperas de Medicina, asumida por Jerónimo Andrés Rocha; esta última fue inaugurada por Vega el 17 de abril de 1635 y fue aprobada mediante real cédula posteriormente en abril de 1638. Por otro lado, la creación de la Cátedra de Método de Galeno o Arte Curativo fue requerida por el rector Luis Zegarra de Guzmán y consolidada mediante la emisión en 1690 de una Real Cédula por parte del monarca Carlos II de España; algunas de las obras que fueron utilizadas para dicha cátedra fueron las Constituciones, Pronósticos y Epidemias de Hipócrates, Instituciones de Luis Mercado, textos de Galeno, entre otros. La Cátedra de Anatomía se instauró en 1711, sin embargo, fue ejercida por titulares sin aprobación real, por lo que el Virrey José Antonio Manso de Velasco regularizó su enseñanza en lo posterior. De esa manera, fue autorizada por Real Cédula el 27 de septiembre de 1752 y se nombró al Bachiller Joseph Villarreal titular de la misma.
Las Constituciones de 1735 aludían a la existencia de las Cátedras de Prima y Vísperas de Medicina, además, se consignó como requisito que los catedráticos de la primera fuesen Protomédicos. Asimismo, cabe resaltar los planteamientos presentes en las Constituciones de 1771, las cuales fueron elaboradas bajo los dictámenes de Francisco Antonio Cosme Bueno.
miniaturadeimagen|right|200px|Patio al interior del Real Hospital de San Andrés hacia inicios del . Los estudiantes aspirantes a una formación en Medicina e iniciar la lectura de las Cátedras tanto de Prima como Vísperas debían primero haber obtenido el grado de Bachiller en Artes. Dichas cátedras tenían una duración de tres años y eran complementadas con prácticas llevadas a cabo en los Hospitales Mayores bajo la dirección de un médico titular. Precisamente, dicho mecanismo generó la existencia de las Escuelas Públicas de Cirugía y Medicina, las cuales fueron establecidas en el Real Hospital de San Bartolomé de la gente de color, el Real Hospital de Santa Ana o de los Naturales, el Espíritu Santo de los Marinos o gente de mar, el Real Hospital de San Andrés y el Real Hospital de Santa María de la Caridad de Mujeres. Así, en 1792 se creó en el Hospital Real de San Andrés el Anfiteatro Anatómico, el mismo que junto a la Cátedra de Anatomía creada en años previos reforzó la enseñanza clínica y práctica de la Medicina en la Universidad de San Marcos. Precisamente, fue Hipólito Unanue quien asumió la dirección de la Cátedra de Anatomía desde 1789, puesto desde donde retomó el interés de su predecesor Juan Joseph de Villarreal por la erección de dicho Anfiteatro, cuya construcción en el Hospital Real de San Andrés se había decretado e iniciado en julio de 1753 para luego quedar en suspenso. Finalmente, en diciembre del mismo año, el entonces virrey Teodoro de Croix emitió un decreto que dispuso la urgente construcción del Anfiteatro, labor que se inició en marzo de 1790, concluyó en julio de 1791 y fue inaugurada el 21 de noviembre de 1792. En aquella oportunidad, Unanue pronunció el discurso Decadencia y Restauración del Perú, en el cual enfatizó la necesidad de tener una población saludable que pueda sustentar un proyecto de desarrollo y modernización del país. De manera complementaria, la formación médica fue estructurada por Unanue a través de las Conferencias Clínicas, inauguradas en el año 1792, las mismas que tuvieron lugar en el Anfiteatro Anatómico:
Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando thumb|180px|left|Escultura de Hipólito Unanue, ubicada en el patio central de la Facultad de Medicina Humana «San Fernando» de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos.