La quinta Copa de Naciones de la UNCAF se realizó en la ciudad de San José, Costa Rica del 17 al 28 de marzo de 1999. Los dueños de casa, bajo la batuta técnica del colombiano Francisco Maturana, lograron retener el título conseguido dos años antes. Rolando Fonseca (), con 5 anotaciones, fue el goleador del certamen y el jugador más valioso del torneo.
Primera fase Grupo A EquipoPts.PJPGPEPPGFGCDif6220061+53210171+602002112−11
Grupo B
EquipoPts.PJPGPEPPGFGCDif4211021+14211021+10200202-2
Fase final
EquipoPts.PJPGPEPPGFGCDif6320162+46320131+26320154+10300318-7
Clasificados
Campeón 2° TítuloSubcampeónTercer puesto
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