El Panteón o Cementerio de San Fernando es uno de los recintos sepulcrales más antiguos de la Ciudad de México que se conserva hasta nuestros días.https://web.archive.org/web/20080301030635/http://www.jornada.unam.mx/2006/04/29/a06n1cul.php Es uno de los ejemplos más representativos de la arquitectura y arte funerarios del en México, y funcionó entre 1832 y 1872. Es el destino final de los restos de varios de los personajes destacados de la historia mexicana del , entre los cuales se encuentran los restos de los presidentes Benito Juárez y Miguel Miramón (enviados posteriormente a la Catedral de Puebla), y los del general Ignacio Zaragoza, entre muchos otros.Andrea Rodríguez. Nota "Todos mueren por entrar". Suplemento "Primera Fila", periódico Reforma, viernes 29 de octubre de 2010, pp. 14-15.
thumb|Vista de uno de los pasillos con nichos del panteón de San Fernando y de la tumba del presidente Benito Juárez.
Historia del panteón thumb|Sepulcro neogótico en el panteón Durante la época virreinal en México, la gente tenía la costumbre de ser enterrada en el interior de los templos, pues se creía era esa la mejor manera de resucitar y llegar al cielo después del Juicio Final. Las personas con mayores recursos económicos, benefactores de la iglesia y gente con gran linaje y puestos públicos, eran enterradas más cerca del altar mayor. Mientras menos dinero tenía el difunto, su lugar dentro de la iglesia se alejaba poco a poco del presbiterio. En la Iglesia de San Fernando, junto al altar mayor, están sepultados los virreyes Matías de Gálvez y Gallardo (1784) y Bernardo de Gálvez (1786), padre e hijo, quienes ordenaron la construcción del Castillo de Chapultepec, entre otras obras.* http://sic.conaculta.gob.mx/ficha.php?table=museo&table_id=1176&estado_id=9https://web.archive.org/web/20120415005919/http://www.cultura.df.gob.mx/index.php/recintos/museos/mpsnf
Durante muchos años, era común que los muertos fueran sepultados dentro de las iglesias, detrás de los muros o debajo del suelo, apenas cubiertos con tablas de madera y casi al nivel de la superficie, lo que producía muy malos olores y espectáculos muy desagradables para los visitantes de templo. Sin embargo, una costumbre tan arraigada como esa era muy difícil de suprimir entre la sociedad. A fines del , el arzobispo de México, don Alonso Núñez de Haro y Peralta, manifiesta la necesidad de que se dejen de hacer sepulturas dentro de los templos para evitar contagios y enfermedades, y que de ahí en adelante, los difuntos debían ser enterrados en cementerios ubicados en lugares elevados, alejados de las casas y con buena ventilación. El primer cementerio utilizado de esta manera se abrió al público en ocasión de una epidemia de viruela; fue el de Santa Paula, ubicado en el antiguo atrio de Santa María La Redonda, en la zona que actualmente ocupa el Metro Garibaldi y las avenidas Paseo de la Reforma Norte y Eje Central y fue el Panteón Civil más grande de la Ciudad de México hasta su cierre en 1971.
En el Colegio Apostólico de San Fernando, de misioneros franciscanos de Propaganda Fide, poco a poco se fue evitando la sepultura de cadáveres dentro de la iglesia y se comenzó a utilizar el espacio del atrio frente a la puerta. Este cementerio atrial fue utilizado ampliamente durante más de medio siglo, y las tumbas ahí localizadas no tenían nombres ni fechas; eran simplemente, lápidas anónimas. En un principio, los únicos con derecho a ser sepultados en el panteón fueron frailes fernandinos, benefactores de la iglesia y personas de altos recursos económicos. El uso del panteón atrial de San Fernando en esos años aún era esporádico, por lo que el panteón tuvo una extensión muy reducida.
Hacia 1832 se comenzó la construcción del actual Panteón de San Fernando, mediante la gestión del síndico del convento, don Ignacio Cortina Chávez, y gracias a los cobros que ya se realizaban. Al ser el Panteón de San Fernando el más caro de la ciudad, rápidamente pudo financiar su construcción. En 1833, el general Antonio López de Santa Anna decretó que todos los cementerios privados de la ciudad debían ser abiertos al público en general, debido a la fuerte epidemia de cólera que azotó a la población. A partir de entonces, San Fernando inició sus servicios como panteón público, aunque se prohibió aquí el entierro de enfermos del cólera.
Durante las siguientes dos décadas, la fama del Panteón de San Fernando fue subiendo. Como era un cementerio pequeño, limpio y ordenado, pronto fue escogido por las familias de clase alta como el sitio adecuado para su sepultura. Debido a esto, los precios de los servicios fúnebres en San Fernando fueron subiendo, y en pocos años, solo la gente más rica y poderosa de la sociedad podía pagar su inhumación en este lugar. Es por esto que en San Fernando podemos observar las tumbas de políticos, militares, gobernantes y personalidades de la sociedad del . La mejor época de San Fernando estuvo entre 1850, cuando otra epidemia de cólera incrementó los entierros en el panteón, y 1870, época en que ya existían otros panteones en distintos puntos de la ciudad, como los de Campo Florido, Los Ángeles, La Piedad y San Antonio de las Huertas, cementerios todos desaparecidos en la actualidad. izquierda|miniaturadeimagen|Calavera saliendo de una tumba del Museo El Panteón de San Fernando había sido propiedad de los frailes fernandinos, quienes se encargaban de realizar los entierros, las misas, los altos cobros y de mantener limpio y en orden al pequeño panteón. Su fama fue mucha entre la sociedad de la Ciudad de México. Sin embargo, el 31 de julio de 1859, el gobierno liberal de Juárez expidió una de sus leyes de Reforma: la de la secularización de los cementerios, mediante la cual todos los panteones del clero pasaban a ser propiedad del gobierno. Esta ley se pudo aplicar hasta 1860, cuando terminó la guerra de Reforma y el gobierno de Juárez entró a la ciudad.
A partir de entonces, el ayuntamiento administró este panteón, y al ver que ya se encontraban aquí enterrados grandes personajes ilustres, el gobierno lo declaró Panteón de Hombres Ilustres. Desde ese año, otros grandes héroes y políticos fueron enterrados en San Fernando, como Melchor Ocampo, Miguel Lerdo de Tejada, Ignacio Comonfort e Ignacio Zaragoza. San Fernando fue el primer panteón de hombres ilustres que hubo en toda la Ciudad de México. Con el tiempo, San Fernando se encontraba prácticamente a la mitad de su capacidad, y se pensaba en ampliarlo, cuando un decreto del presidente Juárez ordenó la clausura de todos los cementerios que se hallaran dentro de los límites de la ciudad. Esto con la finalidad de sacarlos a las poblaciones cercanas, como sucedió con el Panteón Civil de Dolores en los rumbos de Chapultepec y Tacubaya. En 1872 se reabrió el panteón para el último entierro registrado, sucedió en 1872, precisamente cuando el presidente Benito Juárez fue sepultado en este sitio.
Después que el presidente Sebastián Lerdo de Tejada ordenó la construcción de la Rotonda de los Hombres Ilustres en el Panteón Civil de Dolores, San Fernando quedó cerrado y su finalidad era solo la de conservar los restos de las personas ilustres ya enterradas ahí; así permaneció durante el porfiriato, hasta que en 1900 se planeó su destrucción para construir un monumental "Panteón Nacional", a espaldas de él, en la actual calle de Héroes, que tomó su nombre de este proyecto. Parecía que el Panteón Nacional sería terminado con éxito, pero el estallido de la Revolución Mexicana y una mala cimentación de la cripta central impidieron que fuera construido en su totalidad. San Fernando perdió algunos muros por esta obra, pero sobrevivió al pasar los tiempos de caos en el país.
En 1935, el Panteón de San Fernando fue declarado monumento histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia, y en 1968 recibió una magna restauración en ocasión de los Juegos Olímpicos celebrados en México. Durante los años setenta y ochenta, el panteón sufrió diversas modificaciones ligeras, por la celebración de los centenarios luctuosos de Juárez y de Francisco Zarco, así como por el terremoto de 1985. Para 1997, con el cambio de régimen político en el Distrito Federal, se puso bajo la administración Del Gobierno Del Distrito Federal, que el 31 de mayo de 2006 lo transformó en un museo de sitio, bajo la tutela de La Secretaría De Cultura Del Distrito Federal. Con los sismos ocurridos en septiembre de 2017 se tuvo que cerrar las puertas del panteón debido a los daños en el templo de San Fernando, por lo cual se espera que nuevamente tenga una remodelación.
Restos mortales Para dar cuenta de la fama e importancia que tuvo este panteón en el , la siguiente es una lista de personajes históricos sepultados aquí. Algunos de ellos (indicados con un *) ya se trasladaron a otros sitios, y otros aún permanecen en este pequeño panteón. Los difuntos marcados con una “?” no se sabe cuál es su tumba o si aún se encuentran sepultados en San Fernando.
Políticos Presidentes de la República thumb|Sepulcro de Ignacio Comonfort Miguel Miramón (1859-1860)Sus restos fueron trasladados a la Catedral de Puebla. Benito Juárez García (1806-1872) Manuel María Lombardini (1853) José Joaquín de Herrera (1844, 1844-1845 y 1848-1851) Martín Carrera (1855) Vicente Guerrero (1829)Sus restos fueron trasladados al Ángel de la Independencia. Manuel de la Peña y Peña (1847, 1848)Sus restos fueron trasladados a la Rotonda de las Personas Ilustres del Panteón Civil de Dolores. Ignacio Comonfort (1855-1858) thumb|Vista frontal de la tumba vacía (ahora monumento) del general Ignacio Zaragoza
Secretarios de Estado José Morán y del Villar (ministro de guerra y marina en el gabinete del general Anastasio Bustamante) Ramón Tavera (ministro de guerra en el gabinete de Maximiliano)Sus restos fueron trasladados. Mariano Otero (ministro de gobernación en el gabinete de José Joaquín de Herrera)Sus restos fueron trasladados a la Rotonda de los Jaliscienses Ilustres en Guadalajara, Jalisco. Francisco Zarco Mateos (ministro de relaciones, en uno de los gabinetes de Benito Juárez) José Urbano Fonseca (ministro de justicia y relaciones, en el gobierno de Mariano Arista)Sus restos fueron trasladados al Panteón Francés la Ciudad de México. José María Cortés y Esparza (ministro de gobernación durante el imperio de Maximiliano) Miguel Lerdo de Tejada del Corral (ministro de fomento durante el gobierno de Santa Anna y de hacienda en los de Comonfort y de Juárez) Lino José Alcorta (Guerra, Santa Anna) Ignacio Zaragoza Seguín (Guerra, Juárez)Sus restos fueron trasladados en 1976 al Monumento a Ignacio Zaragoza en Puebla, Puebla. José Gil de Partearroyo (Guerra, Juárez, en 1860) José María Lafragua Ibarra (Relaciones, Gómez Farías; Gobernación, Comonfort; Relaciones, Juárez y Lerdo) José Bernardo Couto (Justicia, Herrera)Sus restos fueron trasladados al Sagrario Metropolitano de la Ciudad de México.
Gobernadores thumb| Tumba vacía de Miguel Miramón en la entrada al panteón, donde al fondo se aprecia la tumba de la hija de Vicente Guerrero y en la parte superior izquierda, el nicho de Luis G. Banuet
José María Arteaga (Querétaro, Jalisco; héroe de guerra en 1865)Sus restos fueron trasladados al Rotonda de los Queretanos Ilustres. Carlos Salazar Ruiz (Michoacán; héroe de guerra en 1865.) Ignacio Inclán (Distrito Federal.) Domingo Ramírez de Arellano (Sonora; héroe de guerra en 1847) Pedro Ampudia y Grimorest (Nuevo León, Tabasco; héroe de guerra en 1842 y 1847) Juan C. Doria (Hidalgo; héroe de guerra en 1867)Sus restos fueron trasladados a la Rotonda de los Hidalguenses Ilustres en Pachuca de Soto, Hidalgo. Francisco Modesto de Olaguíbel (Estado de México, combatió en 1847 contra los EE. UU.)*. Juan Bautista Traconis (Puebla; héroe de guerra en 1847) Gabino F. Bustamante (Distrito Federal)Sus restos fueron trasladados a Puebla.