miniatura|250px|Patagonia en 1842, vista por navegantes franceses. miniatura|250px|Patagonia. Tierra del Fuego e Islas Malvinas.
La historia de la Patagonia hace referencia a la historia de la zona austral del continente americano, en el sur de los dominios hispanos de Sudamérica. Desde 1522 y hasta el en los mapas solía ser llamada Patagonia o Tierras Magallánicas toda la extensión inmediatamente al sur del estuario del río de la Plata. Tanto la falta de conocimiento del territorio como la inevitable imprecisión de la cartografía, llevó a las marcaciones territoriales de las provincias virreinales a algo tan difícil como difuso.
Frente a la determinación de la Monarquía Hispánica de ejercer su dominio, la tenencia efectiva del territorio patagónico estuvo ejercida en el norte por tribus mapuche. Las Tierras Magallánicas abarcaban por su lado Occidental los territorios hacia el sur y este del Archipiélago de Chiloé, habiendo presencia de otros indígenas, conociéndose en parte esa zona como Trapananda y en donde se suponía la existencia de la Ciudad de los Césares, En 1620 el capitán Juan Fernández incursionó en la zona buscando la Ciudad de los Césares llegando hasta el lugar llamado Naval Huapí. y por el otro lado el continuo ataque de los aborígenes pampeanos mantuvo un límite agresivo frente a los avances españoles desde Buenos Aires, mientras que la Patagonia oriental estaba habitada predominantemente por la etnia tsoneka, aonikenk o tehuelche.
Poblaciones indígenas thumb|250px|Distribución aproximada de lenguas en el extremo meridional de Sudamérica en tiempos de la Conquista. 250px|left|miniaturadeimagen|Mapa que muestra la ubicación de los pueblos originarios en la Patagonia Austral. La Patagonia meridional estaba poblada por pueblos de lengua chon principalmente y otros pueblos cuya lengua no parece estrechamente relacionada con la de sus vecinos como los kawéskars, los chonos, los huarpes y los yaganes.
La región de la Patagonia estaba habitada en el pasado por diversas etnias y tribus indígenas, de lengua chon, entre las cuales que destacan en la Patagonia oriental los tehuelches propiamente dichos (aonikenk), los teushen y los gününa këna o guenaken. En la Isla Grande de Tierra del Fuego se hallaban los onas o selk'nam en el norte y centro y los mánekenks o haush en el sudeste, ambos pueblos estaban emparentados entre sí y también hablaban lenguas de la familia chon. En la región de los canales patagónicos habitaban pueblos nómades canoeros: los chonos desde el sur de Chiloé hasta el golfo de Penas, los kawésqars desde una zona de contacto con los chonos hasta el Estrecho de Magallanes y los yaganes o yámanas, que vivían en la zona del canal Beagle y se desplazaban entre el estrecho y el cabo de Hornos. Pastores anglicanos fueron los primeros europeos en convivir con los onas y yámanas con la misión de evangelizarlos. Los indígenas fueguinos fueron diezmados por las enfermedades contagiadas por los europeos y, en el caso de los onas, también asesinados sistemáticamente por buscadores de oro y ovejeros.
La caza y la recolección eran las principales actividades económica de los tehuelches, que dominaban las pampas patagónicas, y de los sélknams, que lo hacían en las de la isla Grande de Tierra del Fuego. En tanto, los chonos, alacalufes y yámanas vivían de la recolección de mariscos y la pesca.
Los hombres blancos incluyeron el ganado vacuno y el caballo, causando alteraciones en la civilización de los Tehuelches. Su alimentación comenzó a ser de estos animales y aprendieron la habilidad de montar y utilizar al caballo. Esto permitió trasladarse con más comodidad y simpleza pudiendo acercarse hacia la zona norte. Podían intercambiar las pieles de los caballos y las plumas de las avestruces como forma de pago.
El Tratado de Tordesillas del 7 de junio de 1494 firmado entre las coronas de Portugal y Castilla fijó una línea de polo a polo que pasaba a 370 leguas al oeste de las islas de Cabo Verde (posiblemente el actual meridiano de 46°37′ longitud oeste) como el límite entre las zonas de conquista de ambas coronas en el Nuevo Mundo. La Patagonia quedó así al oeste de esa línea, dentro de la zona perteneciente a Castilla.
Descubrimiento de Américo Vespucio Américo Vespucio ha sido señalado como descubridor de la costa de Patagonia y de las islas Malvinas en un viaje de navegación al servicio de Portugal, que alcanza la bahía de Río de Janeiro y el Río de la Plata, iniciado en Lisboa en mayo de 1501, dirigido por Gonzalo Coelho, del cual tomó el mando a los 32° S. En una carta a Piero Soderini, fechada en Lisboa a 4 de septiembre de 1504 y denominada Lettera di Amerigo Vespucci delle isole nuovamente trovate in quatro suoi viaggi, el navegante relata:
Aunque no llegó a desembarcar ni tomar posesión, luego de este viaje aparecen en los mapas europeos dos ríos llamados Cananor o Camarones y Jordán que sería el Río de la Plata.
Expedición de Magallanes thumb|Réplica de la Nao Victoria de Hernando de Magallanes en el Museo Nao Victoria de Punta Arenas.
Fernando de Magallanes zarpó de Sanlúcar de Barrameda el 20 de septiembre de 1519 en una expedición española compuesta por las naves Trinidad, nave capitana al mando de Magallanes; Victoria; San Antonio; Concepción y Santiago con destino a las islas Molucas. El 31 de marzo de 1520 los expedicionarios desembarcaron en la bahía San Julián para pasar el invierno allí, en donde tomaron contacto con los tehuelches. Posteriormente descubren las desembocaduras de los ríos Deseado y Santa Cruz (en donde naufragó la Santiago). Posiblemente el piloto Esteban Gómez de la nave San Antón o San Antonio, tras sublevarse contra Magallanes el 1 de noviembre de 1520, al regresar a España por la ruta de Guinea haya avistado las islas Malvinas el 6 de mayo de 1521, islas que desde ese momento aparecen en la cartografía como de San Antón, S. Antón, Sansón, Sanson o San Son. El 21 de octubre de 1520 descubrió el cabo Vírgenes y el 1 de noviembre, luego de explorar la entrada de mar, entró al estrecho al que llamó de Todos los Santos y hoy es conocido como estrecho de Magallanes. En la ribera sur del estrecho contempló grandes fogatas que desprendían mucho humo, por lo que bautizó como Tierra del Fuego a esa ribera. La travesía del estrecho le tomó 28 días, cuando salió al océano este estaba excepcionalmente calmo por lo que lo llamó océano Pacífico, continuando hacia las Molucas.
Expedición de Jofre de Loaysa
La expedición de fray García Jofre de Loaisa, a quien también se nombró gobernador general de las Molucas, partió desde La Coruña hacia las Molucas el 24 de julio de 1525 en seis naves con 450 hombres, una de ellas al mando de Juan Sebastián Elcano. El capitán Pedro de Vera con la nave Anunciada desertó de la expedición a la altura del río Santa Cruz, con el propósito de navegar hacia las Molucas por el Cabo de Buena Esperanza, pero no volvió a saberse nada de esta nave. Francisco de Hoces en una exploración al sur del estrecho, descubrió el Pasaje de Drake o de Hoces. La expedición tuvo numerosos problemas, tres de los barcos no consiguieron pasar el estrecho de Magallanes y seis días después de entrar en el Pacífico pierden de vista la carabela San Lesmes el 1 de junio de 1526. El 30 de julio de 1526 murió Jofre de Loaisa y el 4 de agosto también muere Elcano. La única nave restante, la "Santa María de la Victoria", llegó a las Islas de los Ladrones (actualmente islas Marianas) el 5 de septiembre de 1526.
Provincia de Nueva León
miniaturadeimagen|300px|Gobernación de Nueva León después de su ampliación hasta el estrecho de Magallanes en 1536, estando al mando de Francisco de Camargo, siendo nombrada como provincia del estrecho. Simón de Alcazaba y Sotomayor fue uno de los adelantados nombrados por el rey Carlos V en las capitulaciones del 21 de mayo de 1534 para explorar y ocupar las tierras americanas. Se le otorgó la Gobernación de Nueva León que iba, según la historiografía chilena, desde el Atlántico al Pacífico desde el paralelo 36°57′ 09' 'S (línea de Coronel a Pinamar) al 48º 22' 52' 'S (línea de isla Campana a bahía Laura), comprendiendo 200 leguas de norte a sur. También existen fuentes argentinas que mencionan el paralelo 36. Alcazaba partió del puerto de Sanlúcar de Barrameda el 21 de septiembre de 1534, en una expedición de 250 hombres en dos naves; la que él mismo comanda, "Madre de Dios" y "San Pedro", que llevaba como capitán a Rodrigo Martínez. La Madre de Dios fue separada de la San Pedro por una tormenta a la altura del Río de la Plata y volvieron a encontrarse el 17 de enero de 1535 en el Cabo Vírgenes, hecho que fue relatado por Alonso Vehedor:Museo del Fin del Mundo - Biblioteca Virtual - en torno a la Tierra del Fuego
Tuvieron la idea de cruzar al Pacífico, pero la situación climática se los impidió, por lo que retornaron hacia el norte bordeando la costa del Atlántico. El 9 de marzo de 1535 Alcazaba fundó en la Caleta Hornos, de la Bahía Gil, 29 kilómetros al sur de la actual localidad de Camarones, en la provincia del Chubut, el "Puerto de los Leones" o Nueva León, que fue el primer intento de fundar una población estable en la Patagonia. Desde allí el mismo día de la fundación, envió una expedición por tierra en busca de riquezas, la cual recorrió la Meseta de Sotomayor internándose unos 70 kilómetros hasta descubrir el actual río Chico, que llamaron "Guadalquivir", en donde tomaron contacto con los tehuelches. Luego de 20 días de marcha, se produce un motín regresando al puerto, en donde fue asesinado Alcazaba y Sotomayor. Rodrigo de Isla logró dominar la sublevación al costo de 80 expedicionarios muertos, algunos de los restantes lograron llegar al Caribe abandonando Puerto de los Leones el 17 de junio de 1535.
Posteriormente al ser concedida la gobernación a Francisco de Camargo el 8 de diciembre de 1536, el territorio es extendido hasta el estrecho de Magallanes.
Real Audiencia de Panamá La Real Audiencia de Panamá fue creada mediante Real Cédula del 26 de febrero de 1538 por el Emperador Carlos V. En ella se incluían las provincias de Tierra Firme (Castilla de Oro y Veraguas), todos los territorios que comprenden desde el Estrecho de Magallanes hasta el Golfo de Fonseca (las provincias del Río de la Plata, Chile, Perú, la gobernación de Cartagena y Nicaragua).
Armada del obispo de Plasencia miniaturadeimagen|Sepulcro en alabastro, obra de Francisco Giralte, del obispo Gutierre de Vargas Carvajal en la Capilla del Obispo (Madrid) Francisco de la Ribera como gobernador, comandó la expedición que había sido armada por el obispo católico de Plasencia, Gutierre de Vargas y Carvajal. La expedición, compuesta por cuatro naves, tenía como fin la colonización de la zona del Estrecho de Magallanes, ya que el rey le había concedido el 6 de noviembre de 1536 los territorios entre el paralelo 36° de latitud sur y el estrecho, nombrando a su hermano Francisco de Camargo como gobernador por cesión del obispo el 24 de enero de 1539, pero luego lo reemplazó por[Francisco de la Ribera a quien nombra nuevo gobernador al desistir Camargo. Zarparon de Sevilla en agosto de 1539. El 20 de enero de 1540 las tres naves que lograron llegar entraron en el estrecho, donde sufrieron un temporal que dos días después hundió a la nave capitana al mando de Ribera y separó a los otros dos barcos en direcciones opuestas. El barco comandado por Alonso de Camargo, denominado como Incógnita, logró llegar al Perú tras atravesar el estrecho, descubrir probablemente el canal Beagle y avistar la Isla de Chiloé. La otra nave de nombre desconocido, cuyo capitán probablemente haya sido Gonzalo de Alvarado, hizo toma de posesión de lo que se cree eran las Islas Malvinas el 4 de febrero de 1540, en donde invernó por cinco meses para finalmente continuar viaje y llegar a España. Esta capitulación quedó sin efecto por no haberse cumplido el cometido.
Texto de la Capitulación de Camargo: