La historia de la arqueología en Perú rastrea la evolución de una disciplina que pasó del coleccionismo colonial y la fascinación romántica hasta ser una ciencia rigurosa, fundamental para establecer la identidad nacional andina. La arqueología en Perú es una ciencia moderna, apoyada por tecnologías de vanguardia como el análisis de ADN antiguo, y en la que el uso de drones y el escaneo láser (LiDAR, Light Detection and Ranging) han transformado los trabajos en la selva, una región difícil de estudiar por la densa vegetación y la geografía accidentada. Hoy el ejercicio de la arqueología está fuertemente regulada por el Ministerio de Cultura del Perú y se enfoca a la conservación comunitaria, a la gestión del patrimonio y al entendimiento de las crisis climáticas en el pasado.
En el mundo hay incontables yacimientos arqueológicos de distintas épocas, aunque los más antiguos y abundantes tienden a concentrarse: en África, en Egipto; en Asia, en Mesopotamia (hoy Irak), India y China; en Europa, en Grecia; y en América, en Mesoamérica y el actual territorio de Perú, donde son miles los yacimiento arqueológicos de los que hay constancia y que se han conservado a lo largo de los siglos en parte gracias a la aridez del clima.
Entre los sitios arqueológicos prehispánicos destacan el santuario histórico de Machupicchu, el sitio arqueológico Chavín, el complejo arqueológico Chan Chan, la ciudad sagrada Caral, la zona arqueológica de Kuélap, el complejo arqueológico Sicán, el complejo arqueológico Mateo Salado, el complejo arqueológico Huacas del Sol y de la Luna y el conjunto arqueológico de Saywite.
Primera época colonial Durante la primera época colonial (siglos -), el interés por el pasado prehispánico estuvo ligado a las crónicas de indias y a la «extirpación de las idolatrías», con el «huaqueo» o saqueo sistemático y legalizado de huacas.
Pedro Cieza de León (1520-1554), conquistador y explorador español que acompañó en 1547-1550 a Pedro de la Gasca en tierras peruanas, destacó por su labor como cronista e historiador del mundo andino. Escribió una Crónica del Perú en cuatro partes, de las que en vida de su autor, solo se publicó la primera, en Sevilla en 1553, quedando inéditas las otras tres hasta los siglos y . Fue el primer proyecto de una historia global del mundo andino, desde las épocas remotas hasta su tiempo. Son de destacar las menciones de monumentos preincaicos, como la ciudad de Chan Chan (cap. LXVIII); el santuario de Pachacámac (cap. LXXII); las líneas de Nazca (cap. LXXV); el templo de Chavín de Huántar (cap. LXXXII); las extensas edificaciones de Wari (cap. LXXXVII); y las construcciones monumentales de Tiahuanaco (cap. CV). Por eso, se le ha llamado el «primer arqueólogo del Perú». La segunda parte, El Señorío de los Incas, publicada en Madrid en 1880, tiene las primeras descripciones escritas de los monumentos incas (Cap. XV, De cómo se hacían los edificios para los señores y los caminos reales para andar por el reino), registrando su asombro ante la arquitectura de piedra, aunque con una visión influenciada por la mentalidad de la conquista.
Juan de Betanzos (1510-1576) fue otro explorador y cronista español que acompañó a Francisco Pizarro y a Diego de Almagro en la conquista del Perú. Betanzos se estableció en Cusco y aprendió quechua, siendo nombrado intérprete oficial del gobernador y posteriormente de los virreyes. Se casó en 1541 con Angelina, hermanastra de Atahualpa —que había sido concubina de Francisco Pizarro con quien tuvo a Francisco Pizarro el Joven— y medió con Incas rebeldes como Tupac Yupanqui y Titu Cusi Yupanqui. Betanzos completó la Suma y narración de los incas en 1551 por encargo del virrey Antonio de Mendoza, pero debido a su muerte el texto permaneció inédito —fue publicado en el , pero se conocían algunas copias—. El documento narraba la historia de los incas desde los orígenes míticos hasta la llegada de los españoles, incluyendo los eventos, creencias y estructuras sociales del pueblo inca y sobre el impacto de la conquista española, y lo hizo desde una perspectiva interna inca, ofreciendo testimonios de los ancianos andinos, parientes y amigos de su mujer. El texto constituye una fuente valiosa para el estudio de las culturas precolombinas y el contacto con los españoles, y es considerada una fuente primaria esencial para el estudio de la historia y cultura incas, al documentar hechos y tradiciones no presentes en otras crónicas coloniales.
Ambos cronistas compitieron con Historia Índica (o Historia de los Incas, 1572, inédito durante siglos), obra de Pedro Sarmiento de Gamboa (1530/32-1592)), una de las obras mejor documentadas de cuantas se escribieron sobre los Incas y la antigua historia del Perú.«Pedro Sarmiento de Gamboa» en Real Academia de la Historia. Esta obra se enmarcaba dentro de un ambicioso proyecto de Historia General del Perú encargado por el propio virrey Francisco Álvarez de Toledo y que debía ir precedida de una descripción geográfica y continuada por una tercera parte dedicada al descubrimiento y conquista por los españoles hasta el momento.Pedro Sarmiento de Gamboa en www.cervantesvirtual.com. En 1570 el virrey, dedicado a institucionalizar el gran virreinato y someterlo definitivamente a la soberanía de los monarcas de Castilla, quiso probar que los Incas reinantes en Perú a la llegada de los españoles eran extranjeros, que por la fuerza habían sometido a los naturales del país estableciendo un gobierno tiránico, y que por ello, los españoles lícitamente había llegado para terminar con tal estado de opresión estableciendo otro régimen destinado a civilizar y convertir a los indígenas a la verdadera religión. Francisco de Toledo, organizó un recorrido por todos sus territorios en el que invirtió cinco años (1570-1575) para evaluar los recursos económicos y humanos, y le sirvió para centralizar los aspectos esenciales de la administración y establecer las bases de lo que sería el sistema virreinal en el Perú. Sarmiento, nombrado «Cosmógrafo general del Perú», fue uno de los asesores que le acompañó dedicado sobre todo a asuntos militares e históricos; viajó por los poblados entrevistándose con ancianos indígenas de reconocida autoridad y sabiduría, y conversó con españoles supervivientes de las primeras conquistas. Sarmiento describió con precisión la organización administrativa del imperio, la estructura de los ayllu (unidades comunitarias), el sistema de recaudación de impuestos y el funcionamiento de las grandes obras públicas, como los caminos y los depósitos imperiales. Prestó especial atención también a la religión, con la descripción de los cultos solares y las ceremonias del Inti Raymi, y a la figura del Sapa Inca, soberano divinizado y centro del orden político.
Durante el , la arqueología en el Perú fue una práctica precientífica que siguió estando dominada por el huaqueo —saqueo y destrucción de huacas, templos y necrópolis en busca de oro y plata—, aunque comenzaron las exploraciones de ilustrados europeos que testimoniaron monumentos y dejaron los primeros registros gráficos locales. Esos europeos no eran arqueólogos en el sentido moderno sino científicos ilustrados, marinos y naturalistas, y sus misiones combinaban la astronomía, la cartografía y la botánica con una profunda curiosidad por las ruinas incas y preincas, dejando los primeros registros documentales y gráficos de esos monumentos. Este flujo de viajeros funcionó como un puente cultural: Europa descubrió que el pasado americano albergaba civilizaciones monumentales, mientras que los criollos peruanos asimilaron los métodos científicos de estos visitantes para empezar a estudiar su propia historia local.
Uno de los tempranos eruditos franceses que llegó al país a principios de siglo, con la apertura comercial de los Borbones, fue el sacerdote Louis de Feuillée (1660-1732), matemático, botánico y corresponsal de la Academia Real de Ciencias. Viajó a las Indias con fines científicos y geográficos, patrocinado por Luis XIV de Francia, de 1707 a 1712; hizo un recorrido a lo largo de las costas sudamericanas para realizar observaciones de tipo botánico y matemático, aunque también se interesó por las antigüedades precolombinas. En su libro Journal des observations physiques, mathématiques et botaniques faites par l’ordre du Roi sur les côtes orientales de l’Amérique Méridionale… depuis l’année 1707 jusques en 1712, publicado en 1714, describió sitios arqueológicos en la costa central, entre los que destacaba Pachacamac. No indicó si participó en excavaciones, y el método para conocer la cultura material precolombina fue la observación y las fuentes orales, estableciendo contactos con las poblaciones autóctonas colindantes a los yacimientos.
Otro temprano erudito francés fue Amédée-François Frézier (1712-1714) ingeniero militar que bordeó las costas y cartografió el litoral de Perú y Chile. En su diario de viaje describió las huacas de la costa norte y las costumbres funerarias nativas, legando algunos de los primeros dibujos de objetos precolombinos vistos en Europa. También recolectó ejemplares que terminaron en manos de nobles y eruditos locales franceses, británicos o neerlandeses como rarezas exóticas.
Las expediciones europeas más influyentes para el conocimiento del pasado peruano fueron las siguientes:
Misión geodésica francesa (1735), enviada por la Academia de Ciencias de Francia para medir un grado del meridiano terrestre, que incluía a científicos que aportaron las primeras descripciones técnicas de la arquitectura andina. Charles Marie de La Condamine (1701-1774), naturalista, geógrafo, matemático y astrónomo, se desvió de su ruta para visitar y medir las ruinas incas de Tomebamba e Ingapirca y publicó los primeros planos detallados de estructuras incaicas, admirando la precisión de su cantería. Recolectó para la Academia de Ciencias textiles, figurillas de metal y muestras de minerales, objetos que mostraban el nivel de sofisticación metalúrgica de las culturas andinas frente a las teorías europeas que minimizaban el desarrollo americano. A su vez los españoles Jorge Juan y Santacilia (1713-1773) marino, ingeniero naval y científico, y Antonio de Ulloa (1716-I1795), militar, naturalista y astrónomo, incorporados a la expedición por orden de la Corona, redactaron una memoria Relación histórica del viaje a la América Meridional (1748), describiendo monumentos, costumbres indígenas y recolectando "curiosidades" arqueológicas para el gabinete real.
Expedición botánica al virreinato del Perú (1777-1788), que aunque tenía como objetivo principal la recolección de plantas, iba acompañada por los naturalistas españoles Hipólito Ruiz y José Antonio Pavón que registraron el paisaje cultural andino. Durante sus recorridos por la sierra central y el norte peruano, documentaron la ubicación de antiguas fortalezas, templos y caminos incas, reuniendo además objetos prehispánicos que terminaron en colecciones europeas.