Puede referirse a alguna de las ocasiones en las que esta institución española ha sido privada de alguno de los elementos de su fondo:
Robo del Museo Arqueológico Nacional de España (1887), en el que se robaron 11 estatuillas romanas de bronce. Incautación de monedas del Museo Arqueológico Nacional de España (1936), en el que el gobierno de la Segunda República Española se incautó de la colección de monedas de oro y otras piezas, entre ellas el llamado Tesoro de los Quimbayas. Robo del Museo Arqueológico Nacional de España (1993), en el que se sustrajo una cruz visigoda de bronce.