thumb|250px|Cuadro Virgen de los Reyes Católicos en el que aparece arrodillado detrás del rey Fernando el Católico, el inquisidor general Tomás de Torquemada, y arrodillado detrás de la reina el inquisidor de Aragón Pedro de Arbués. Los orígenes de la Inquisición española constituyen el relato de cómo y por qué los reyes Isabel I de Castilla y Fernando II de Aragón pidieron al papa y este les concedió —en 1478 para la Corona de Castilla y en 1483 para la Corona de Aragón— la instauración de la Inquisición española, que a diferencia de la inquisición pontificia medieval dependería del poder civil.
Antecedentes
En los reinos cristianos de la península ibérica existió durante la Edad Media la inquisición episcopal, así llamada porque la jurisdicción sobre la herejía, el "crimen" eclesiástico convertido en delito público más importante, correspondía a los obispos quienes condenaban a los herejes con la expulsión de la diócesis o con la excomunión, aunque la Iglesia apeló constantemente a los tribunales seculares para que también la persiguiera, teniendo en cuenta la prohibición establecida por el derecho canónico de que los tribunales eclesiásticos dictaran condenas que supusieran el derramamiento de sangre. En 1184 el papa Lucio III extendió la inquisición episcopal a toda la cristiandad occidental, castigando a los herejes con el destierro y la confiscación de bienes, sin que se admitiera todavía la pena de muerte.
Sin embargo, algunos príncipes cristianos fueron más lejos. Entre ellos sobresalió Pedro II de Aragón que en 1197 promulgó en Gerona una durísima ordenanza antiherética en la que mandaba quemar vivos a los herejes que se negaran a abandonar sus dominios.
En 1231 el papa Gregorio IX creó la Inquisición pontificia que se superpondría a la inquisición episcopal, pero aquella no llegó a establecerse en la Corona de Castilla, donde la represión de la herejía corrió a cargo de los príncipes seculares basándose en una legislación también secular aunque reproducía en gran medida los estatutos de la inquisición pontificia. En Las Partidas se admitió "la persecución de los herejes, pero conducirlos, ante todo, a la abjuración; solo en caso de que persistieran en sus creencias podían ser entregados al verdugo. Los condenados perdían sus bienes y eran desposeídos de toda dignidad y cargo público". En el reinado de Fernando III de Castilla fue cuando se impusieron las penas más duras a los herejes. El propio rey ordenó marcarlos con hierros al rojo vivo, y una crónica habla de que «enforcó muchos home e coció en calderas».
En el resto de reinos cristianos peninsulares sí se estableció la inquisición pontificia. En la Corona de Aragón en 1233, en el reino de Navarra en 1238, aunque en el reino de Portugal no se introdujo hasta 1376, para caer en seguida en desuso.
En la Corona de Aragón su implantación se produjo como resultado de la preocupación que tenían su soberano Jaime I y los obispos de sus dominios por la llegada de herejes procedentes del otro lado de los Pirineos y que además estaban haciendo muchos adeptos. En principio se restableció la ordenanza antiherética de Pedro II el Catolico de 1197, pero el papa Gregorio IX presionó para que se instaurara la Inquisición que acababa de crear, contando con la ayuda de Raimundo de Peñafort. Al fin Jaime I cedió y el 7 de febrero de 1233 promulgó un edicto que establecía que «nadie pueda decidir en causas de herejía sino el obispo diocesano u otra persona eclesiástica que tenga potestad para ello», es decir, un inquisidor. Entre otras prescripciones en el edicto se establecía que «nadie tenga en romance los libros del Antiguo y Nuevo Testamento, sino que en el término de ocho días los entregue al obispo de su diócesis para ser quemados».
El papa confirmó el edicto y en 1235 envió al arzobispo de Tarragona un código de procedimiento inquisitorial redactado por Peñafort. En él se establecía la figura del legado pontificio, con carácter de juez extraordinario o inquisidor general, por lo que no presidía ningún tribunal permanente, a diferencia de su homónimo de la Inquisición española de la Edad Moderna. "Estos primeros legados suelen ser dominicos o franciscanos, los cuales, dada la exención de que gozaban respecto de los obispos, se convertían en instrumento apropiado de la administración pontificia y podían actuar de acuerdo con los príncipes, atendiéndose a una legislación universalmente establecida".
En el concilio de Tarragona de 1242 se aprobó un nuevo reglamento inquisitorial, que establecía que el hereje impenitente debía ser entregado al brazo secular, mientras que los simples afiliados habían de hacer penitencia todos los años de su vida en las fiestas que se señalaban, descalzos y en camisa, y siempre debían llevar dos cruces en el pecho, de distinto color que los vestidos. En algunos casos se llegaron a exhumar cadáveres de supuestos herejes para ser quemados.
La inquisición pontificia existió en la Corona de Aragón hasta que a principios del dejó prácticamente de actuar. Durante ese tiempo se ocupó de casos aislados de herejía y de escaso arraigo popular como los procesos que se abrieron contra los fraticelli o contra los beguinos en diversos lugares de los Estados de la Corona. El más famoso de sus inquisidores fue el catalán Nicholas Eymerich gracias al manual Directorium Inquisitorum que escribió a mediados del .
El fin de la "tolerancia" a los judíos: las matanzas de 1391
Hasta el los judíos de los reinos cristianos de la península ibérica habían sido «tolerados», entendiendo esa palabra, en sentido negativo, de permitir lo ilícito porque se obtiene de ello alguna utilidad. Como ha señalado Joseph Pérez, «hay que desechar la idea comúnmente admitida de una España donde las tres religiones del Libro —cristianos, musulmanes y judíos— habrían convivido pacíficamente durante los dos primeros siglos de la dominación musulmana y, más tarde, en la España cristiana de los siglos XII y XIII. La tolerancia implica no discriminar a las minorías y respetar la diferencia. Y, entre los siglos VIII y XV, no hallamos en la península nada parecido a la tolerancia». Henry Kamen, por su parte, afirma que «las comunidades de cristianos, judíos y musulmanes nunca habían vivido en pie de igualdad; la llamada convivencia fue siempre una relación entre desiguales» En los reinos cristianos, destaca Kamen, tanto judíos como musulmanes era tratados «con desprecio» y las tres comunidades «vivían existencias separadas».
En los siglos y se recrudece el antijudaísmo cristiano en el Occidente medieval lo que queda plasmado en las duras medidas antijudías acordadas en el IV Concilio de Letrán celebrado en 1215 a instancias del papa Inocencio III. Los reinos cristianos peninsulares no fueron en absoluto ajenos al crecimiento del antijudaísmo cada vez más beligerante —en el código castellano de las Partidas se recordaba que los judíos vivían entre los cristianos «para que su presencia recuerde que descienden de aquellos que crucificaron a Nuestro Señor Jesucristo»—, pero los reyes siguieron «protegiendo» a los judíos por el importante papel que desempeñaban en sus reinos.
En el se termina el periodo de «tolerancia» hacia los judíos pasándose a una fase de conflictos crecientes. Según Joseph Pérez, «lo que cambia no son las mentalidades, son las circunstancias. Los buenos tiempos de la España de las tres religiones había coincidido con una fase de expansión territorial, demográfica y económica; judíos y cristianos no competían en el mercado de trabajo: tanto unos como otros contribuían a la prosperidad general y compartían sus beneficios. El antijudaísmo militante de la Iglesia y de los frailes apenas hallaba eco. Los cambios sociales, económicos y políticos del siglo XIV, las guerras y las catástrofes naturales que preceden y siguen a la Peste Negra crean una situación nueva. […] [La gente] se cree víctima de una maldición, castigada por pecados que habría cometido. El clero invita a los fieles a arrepentirse, a cambiar de conducta y regresar a Dios. Es entonces cuando la presencia del pueblo deicida entre los cristianos se considera escandalosa». thumbnail|220px|Pastorcillos asaltando una ciudad La primera ola de violencia contra los judíos en la península ibérica se produjo en el reino de Navarra como consecuencia de la llegada en 1321 de la cruzada de los pastorcillos desde el otro lado de los Pirineos. Las juderías de Pamplona y de Estella son masacradas. Dos décadas más tarde el impacto la Peste Negra de 1348 provoca asaltos a las juderías de varios lugares, especialmente las de Barcelona y de otras localidades del Principado de Cataluña. En la Corona de Castilla la violencia antijudía se relaciona estrechamente con la guerra civil del reinado de Pedro I en la que el bando que apoya a Enrique de Trastámara utiliza como arma de propaganda el antijudaísmo y este acusa a su hermanastro el rey Pedro de favorecer a los judíos. Así la primera matanza de judíos, que tuvo lugar en Toledo en 1355, fue ejecutada por los partidarios de Enrique de Trastámara cuando entran en la ciudad. Lo mismo sucede once años más tarde cuando ocupan Briviesca. En Burgos, los judíos que no pueden pagar el cuantioso tributo que se les impone en 1366 son reducidos a esclavitud y vendidos. En Valladolid la judería es asaltada en 1367 al grito de «¡Viva el rey Enrique!». Aunque no hay víctimas, las sinagogas son incendiadas.
Pero la gran catástrofe para los judíos de la península ibérica tiene lugar en 1391 cuando las juderías de la Corona de Castilla y de la Corona de Aragón son masacradas. Los asaltos, los incendios, los saqueos y las matanzas se inician en junio en Sevilla, donde Fernando Martínez, arcediano de Écija, aprovechando el vacío de poder que crea la muerte del arzobispo de Sevilla endurece sus predicaciones en contra de los judíos que había iniciado en 1378 y manda derribar las sinagogas y requisa los libros de oraciones. En enero de 1391 un primer intento de asalto a la judería puede ser evitado por las autoridades municipales, pero en junio cientos de judíos son asesinados, sus casas saqueadas y las sinagogas convertidas en iglesias. Algunos judíos logran escapar; otros, aterrorizados, piden ser bautizados. Desde Sevilla la violencia antijudía se extiende por Andalucía y luego pasa a Castilla. En agosto alcanza a la Corona de Aragón. En todas partes se reproducen los asesinatos, los saqueos y los incendios. Los judíos que logran salvar la vida es porque huyen —muchos se refugian en el reino de Navarra, en el reino de Portugal o en el reino de Francia; otros se marchan al norte de África— y sobre todo porque aceptan ser bautizados, bajo la amenaza de muerte. El número de víctimas es difícil de saber. En Barcelona fueron asesinados unos 400 judíos; en Valencia 250; en Lérida 68…