thumb|Recogida de los muertos para su entierro durante la gran peste de Londres. La gran peste de Londres, que duró de 1665 a 1666, fue la última epidemia de peste bubónica en Inglaterra. Sucedió en el contexto de la segunda pandemia de peste bubónica en Europa, un período de epidemias intermitentes originadas en China en la década de 1330 —en lo que se conoce como la peste negra— y que duró hasta 1750.
La epidemia mató aproximadamente 69 mil personas en Londres y 100 000 en el resto de Inglaterra, casi una cuarta parte de la población de Londres, en dieciocho meses. La peste es causada por la bacteria Yersinia pestis, que generalmente se transmite a través de la picadura de una pulga de rata infectada.
La epidemia de 1665-1666 fue en una escala mucho menor que la anterior pandemia de peste negra; más tarde, fue recordada como la «gran» peste, principalmente porque fue el último brote generalizado en Inglaterra durante la segunda pandemia de cuatrocientos años.
Londres en 1665 thumb|Mapa de Londres por Wenceslaus Hollar (c.1665). Como en otras ciudades europeas de la época, la peste era endémica en el Londres del y estallaba periódicamente en epidemias masivas. Los ingleses, como el resto de Europa, veían la peste como un castigo divino por los pecados de la comunidad. A finales de 1664 se presenció un cometa brillante en el cielo y los londinenses tenían miedo y se preguntaban qué evento fatídico presagiaba.
Londres en ese momento era una ciudad de aproximadamente 448 acres o 1.81km², rodeada por una muralla romana que originalmente había sido construida para evitar bandas de asalto. Había portones en Ludgate, Newgate, Aldersgate, Cripplegate, Moorgate y Bishopsgate y al sur se extendía el río Támesis y el puente de Londres. En las partes más pobres de la ciudad, la higiene era imposible de mantener en las hacinadas viviendas y desvanes. No había saneamiento y los desagües abiertos fluían por el centro de las sinuosas calles. Los adoquines eran resbalosos por el excremento de animales, la basura y los desechos arrojados de las casas, estaban fangosos y llenos de moscas en verano y cubiertos de aguas residuales en invierno. La Corporación de la City de Londres empleó «rastrillos» (rakers) para eliminar lo peor de la inmundicia, que era transportada a montículos fuera de los muros, en donde se acumuló y continuó descomponiéndose. El hedor era abrumador y la gente caminaba con pañuelos o ramilletes de flores presionados contra sus fosas nasales.
Algunas de las necesidades de la ciudad, como el carbón, llegaban en gabarras, pero la mayoría por carretera. Carros, carruajes, caballos y peatones se apiñaban en las callejuelas y las puertas en el muro provocaban atascos en cuello de botella por los que era difícil avanzar. El puente de Londres de diecinueve arcos estaba aún más congestionado. Los más acomodados usaban carruajes alquilados y literas para llegar a su destino sin ensuciarse. Los pobres iban a pie, podían ser salpicados por los vehículos con ruedas y empapados por la suciedad que arrojaban y el agua que caía de los balcones. Otro peligro era el humo negro sofocante que emanaba de las fábricas de jabón, las cervecerías y fundiciones de hierro y de unas 15000 casas que quemaban carbón.
Fuera de los muros, habían surgido suburbios donde vivían los artesanos y comerciantes que acudían en tropel a la ciudad ya sobrepoblada. Estos eran barrios marginales con chozas de madera y sin saneamiento. El gobierno había intentado de controlarlo, pero más de un cuarto de millón de personas seguían viviendo allí. Otros inmigrantes se habían apoderado de opulentas casas urbanas, desocupadas por realistas que habían huido del país durante la Mancomunidad, y las convirtieron en viviendas con diferentes familias en cada habitación. Estas propiedades pronto fueron destrozadas y se volvieron barrios marginales infestados de ratas.
La administración de la City de Londres estaba organizada por el alcalde mayor, ediles y concejales comunes, pero no toda el área habitada que generalmente comprende Londres era legalmente parte de la City. Tanto en la City como fuera de sus límites también había liberties, que eran áreas de diferente extensión a las que históricamente se les habían otorgado derechos de autogobierno. Muchas habían estado asociadas con instituciones religiosas y, cuando estas fueron abolidas en la disolución de los monasterios, sus derechos históricos se transfirieron junto con su propiedad a nuevos propietarios. La City amurallada estaba rodeada por un anillo de liberties que habían estado bajo su autoridad, por lo que era llamada «la City y las liberties», pero estas, a su vez, eran circundadas por suburbios con diferentes administraciones. Westminster era una ciudad independiente con sus propias liberties, unida con Londres por el desarrollo urbano. La Torre de Londres era una liberty independiente, como lo fueron otras fortificaciones. Las áreas al norte del río que no eran parte de una de estas administraciones quedaron bajo la autoridad del condado de Middlesex y las que estaban al sur por Surrey.
En ese momento, la peste bubónica era una enfermedad muy temida, pero su causa no se entendía. Los crédulos culpaban a las emanaciones de la tierra, «efluvios pestilentes», clima inusual, enfermedades en el ganado, comportamiento anormal de los animales o un aumento en el número de topos, ranas, ratones o moscas. No fue sino hasta 1894 cuando Alexandre Yersin identificó su agente causal Yersinia pestis y se descubrió la transmisión de la bacteria a través de las pulgas de las ratas. Se creía que la gran peste en Londres era una peste bubónica causada por Y.pestis, confirmada por un análisis de ADN en 2016.
Esta situación dio lugar a una rica literatura crítica, social o política, moral o religiosa, como la de Thomas Dekker, autor de varios panfletos de peste (1603-1630), William Winstanley con The Christians refuge (1665) o Robert Boyle con The Plague of London from the Hand of God (1665).
Registro de los fallecidos thumb|Escenas de epidemia la peste de 1665 en Londres. Para evaluar la gravedad de una epidemia, primero es necesario saber qué tan grande era la población en la que ocurrió. No había un censo oficial de la población para proporcionar esta cifra y el mejor conteo contemporáneo proviene del trabajo de John Graunt (1620-1674), uno de los primeros miembros de la Real Sociedad de Londres y pionero en demografía, quien dio un enfoque científico para la recopilación de estadísticas. En 1662, estimó que vivían 384000 personas en la City de Londres, las liberties, Westminster y las parroquias externas, según las cifras de los «carteles de la mortandad» (bills of mortality) publicadas cada semana en la capital. Estos diferentes distritos con sus administraciones constituyeron la extensión oficialmente reconocida de Londres como un todo. En 1665, Graunt revisó su estimación a «no superior a 460000». Otros contemporáneos elevaron la cifra —el embajador francés, por ejemplo, sugirió 600000—, pero sin una base matemática para respaldar sus valoraciones. La siguiente ciudad más grande del reino era Norwich, con una población de 30000 habitantes.
No había obligación de informar una muerte a las autoridades. En cambio, cada parroquia, desde 1578, designaba dos o más «buscadores de muertos» (searchers of the dead), cuyo deber era inspeccionar el cadáver y determinar la causa del deceso. Tenían derecho de cobrar una pequeña tarifa a los familiares por cada muerte que informaban y, por tanto, habitualmente la parroquia designaba para el puesto a alguien que, por lo demás, era indigente y recibía el apoyo de la contribución para pobres de la parroquia. Por lo general, esto significaba que los buscadores serían ancianas iletradas, que probablemente sabían poco sobre la identificación de enfermedades y estarían abiertas a la deshonestidad. Los buscadores generalmente se enteraban de una muerte por medio del sacristán local, a quien se le había pedido que cavara una tumba, o por el sonido de una campana de iglesia. Quienes no informaban un fallecimiento a la iglesia anglicana local —como los cuáqueros, los anabaptistas, otros cristianos no anglicanos o judíos— con frecuencia no eran incluidos en los registros oficiales. Los buscadores, en tiempos de la peste, debían vivir separados de la comunidad, evitar a otras personas, llevar una estaca blanca para advertir de su ocupación cuando estaban al aire libre y permanecer en interiores, excepto cuando realizan sus tareas, para evitar la propagación de enfermedades. Informaban al clérigo de la parroquia, quien enviaba un informe cada semana a la Compañía de Clérigos de Parroquia en Brode Lane. Las cifras se pasaron al alcalde mayor y luego al ministro de Estado, cuando la plaga se convirtió en un asunto de preocupación nacional. Los datos se usaron para compilar los carteles de la mortandad, que enumeraban el total de muertes en cada parroquia y si era por la peste. El sistema de buscadores para informar la causa de los decesos continuó hasta 1836.
Graunt registró la incompetencia de los buscadores para identificar las verdaderas causas de muerte y destacó el registro frecuente de «tisis» (consumption) en lugar de otras enfermedades que los médicos reconocían en ese momento. En Natural and political observations of the Bills of Mortality (1662), demostró cuantitativamente que las epidemias de peste en Londres dependían de fluctuaciones ambientales, como el tráfico fluvial y marítimo, y la llegada de personas procedentes de regiones donde abundaba la plaga. Sugirió que una taza de cerveza y duplicar su tarifa a dos groats en lugar de una era suficiente para que los buscadores cambiaran la causa de la muerte a una más conveniente para los dueños de casa. Nadie quería que lo señalasen por haber tenido una muerte por peste en su hogar y los secretarios parroquiales también se confabulaban por encubrir los casos en sus declaraciones oficiales. El análisis de los carteles de la mortandad durante los meses en que se arraigó la peste muestra un aumento en las muertes, aparte de una plaga muy por encima de la tasa de mortalidad promedio, lo que fue atribuido a tergiversación de la verdadera causa del deceso. A medida que se extendía la peste, se introdujo un sistema de cuarentena, en el que cualquier casa donde alguien había muerto por la enfermedad era cerrada y nadie podía entrar ni salir durante cuarenta días. Esto frecuentemente condujo al fallecimiento de los otros ocupantes, sea por negligencia o por la propia peste, y proporcionó un amplio incentivo para no informar la enfermedad. El registro oficial computó 68596 casos, pero una estimación razonable sugiere que esta cifra es de 30000, por debajo del total real. Una casa con la peste era marcada con una cruz roja en la puerta con las palabras «Señor, ten piedad de nosotros» (Lord have mercy upon us) y un vigilante estaba de guardia afuera.
Medidas preventivas No hubo medidas regulatorias nacionales contra la peste antes de 1518. Las autoridades londinenses tomaron varias medidas improvisadas en esta época: adopción de un registro de causa de muerte, fundaciones de nuevos hospitales y cementerios, varias regulaciones sobre limpieza de calles, cierre de teatros durante una epidemia, confinamiento de pacientes pobres en sus hogares, señalización de casas infectadas con un paca colgando frente a una ventana, etc. En 1578, dichas medidas se reunieron en las Órdenes Reales de la Peste (Royal Plague Orders), una colección de todo tipo de disposiciones que se han hecho en una situación epidémica. Permaneció en vigor, casi sin cambios, hasta 1665. Al igual que en el continente, la aplicación de estas medidas no dependía de los médicos, sino de los jueces. Lo que caracterizaba a Inglaterra fue una combinación de poder político centralizado y financiamiento local administrado por las parroquias (Poor Laws).